杂志的级别划分是一个相对复杂的过程，涉及多个方面的因素，对于《清华大学学报·自然科学版》杂志来说，其级别划分主要基于其在期刊行业内的认可度、学术影响力以及收录和荣誉情况等因素。
级别划分依据主要基于以下几个方面：
主管与主办单位
《清华大学学报·自然科学版》杂志教育部主管，清华大学主办，根据期刊级别划分的标准，部级期刊由国家部委、全国性学会、协会、研究机构等主办，具有全国影响力。而省级期刊则由各省、自治区、直辖市及其下属部门、学会、协会、高等院校等主办，包括本科院校和专科院校的学报。
收录与荣誉
收录情况：该杂志被多个知名数据库和图书馆收录，如北大期刊(中国人文社会科学期刊)、CSCD 中国科学引文数据库来源期刊(含扩展版)、统计源期刊(中国科技论文优秀期刊)、知网收录(中)、维普收录(中)、万方收录(中)、EI 工程索引(美)、CA 化学文摘(美)、JST 日本科学技术振兴机构数据库(日)、国家图书馆馆藏、上海图书馆馆藏等。这些数据库的收录标准通常较高，能够反映出《清华大学学报·自然科学版》杂志的学术质量和影响力。
荣誉资质：该杂志荣获了全国优秀科技期刊、Caj-cd规范获奖期刊、中国优秀期刊遴选数据库、中国期刊全文数据库（CJFD）、中科双高期刊、中国科技期刊优秀期刊、北大图书馆收录期刊、国家期刊提名奖期刊等荣誉。这些荣誉资质的获得，进一步证明了期刊的学术水平和影响力。
学术影响力
总发文量与被总被引量：《清华大学学报·自然科学版》杂志总发文量：2887，总被引量：40996，总发文量与被总被引量是衡量其学术影响力的重要指标。
影响因子：该杂志的综合影响因子：1.65，复合影响因子：1.1，这进一步证明了其学术水平和影响力。
期刊栏目设置
栏目设置：《清华大学学报·自然科学版》杂志涵盖了专题 燃料电池与锂离子电池、专题 电力系统、机械工程、自动化、计算机科学与技术、建设管理等等多个栏目，内容新颖、信息量大、时效性强，能够满足不同领域学者的需求。
投稿咨询综上所述，该杂志的级别划分依据主要基于其主管与主办单位的学术地位、收录与荣誉情况、学术影响力以及期刊内容与栏目设置等多个方面。
这些因素共同构成了杂志级别划分的重要依据，也体现了《清华大学学报·自然科学版》杂志作为一本具有较高学术水平和影响力的北大期刊的地位。
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