上海书店出版社成立于1988年6月，是以编辑出版传统文化、文史资料和艺术类图书为主的专业出版社。

建社以来，曾影印出版了《申报》、《道藏》、《四部丛刊》、《天一阁藏明代方志选刊》、《中国现代文学史参考资料》、《民国丛书》、《中国历代法书墨迹大观》等一系列在国内外有一定影响的出版物。从90年代开始，逐步形成了以文史类和艺术类为重点的出书新格局，先后出版了一批图书新品如《闲暇丛书》、《古玩宝斋丛书》、《中国诗歌宝库》、《中国古籍稿钞校本图录》、《宋拓郁孤台法帖》等等。有80余种图书分别在国际或国家、华东地区、上海市评比中获奖。1997年，经过10年艰苦努力完成的《中国近代文学大系》获得了国家图书奖的最高奖项--荣誉奖；2001年，《宋拓郁孤台法帖》获得了第五届国家图书奖提名奖；2002年，《中国古籍稿钞校本图录》获得了第十三届中国图书奖。

上海图书发行公司于1960年改组为上海图书公司，下辖上海古旧书店和上海外文书店。1967年，上海古旧书店改名为上海书店。“”期间，上海书店的营业基本中断。