上海科学普及出版社成立于1957年，1958年曾并入上海科学技术出版社。1986年经国家新闻出版署批准复社。现为全国两家科普出版社之一，1999年被和中国科协评为全国科普工作先进集体。2009年12月按照国家关于文化体制改革的总体部署，经转企改制成立了上海科学普及出版社有限责任公司。

重点图书《科学大师》（上下册）自2004年年初出版以来，引起各方热烈的反响，受到广泛的好评。介绍著名的科学家郭申元博士的重点图书《想象拥抱的世界——郭申元博士的故事》被选入和新闻出版总署向全国青少年推荐的“百种青少年优秀图书”。“21世纪中国原创科普佳作系列”首批五种已经出版，分别是《图解现代生态学入门》、《写给小“叶永烈”》、《科学精神启示录》、《生物“芯”时代》、《宇宙文明探索》。该系列由上海市科协主席沈文庆担任编委会主任，作者有科学家、研究员、专家、教授、著名科普作家担任，内容注重原创、先进和人文特色，表述兼具通俗和趣味性。上海科学普及出版社出版的“学科故事丛书”曾在市场上畅销，受到青少年读者的广泛欢迎，第二辑已出版了四种，分别为《揭开生命的奥秘》、《走进深海大洋》、《探索昆虫“语言”》、《话说中国帆船》。

上海科学普及出版社于1986年经国家新闻出版署批准复社。现为全国两家科普出版社之一，1999年被和中国科协评为全国科普工作先进集体。