人民军医出版社于1950年10月经中央军委批准建社，是我国成立最早的中央级大型医学专业出版社，由解放军总后勤部主管，总后勤部卫生部主办。

1950年9月，军委批准出版全军性的医药卫生方面的专门杂志——《人民军医》。军委卫生部决定以“人民军医社”名义公开出版医学图书，编辑出版工作由军委卫生部教育处编译出版科承办。黄树则任教育处处长，鲁敏之任编译出版科科长。1950年5月创刊的军委卫生部机关报《卫生建设》的编辑出版工作由编译出版科负责。10月，总司令为《人民军医》杂志题写刊名；同月《人民军医》杂志创刊号出版

1953年，军委卫生部教育处编译出版科扩编为总后勤部卫生部编译出版处，黄树则任处长，鲁敏之任副处长；5月，《护士与卫生员》杂志创刊；1954年4月，总后勤部卫生部编译出版处改编为军事医学编译出版社，杨锡光任社长；1956年，元帅第二次为《人民军医》杂志题写刊名；2月，《卫生建设资料》出版。1957年，军事医学编译出版社改称人民军医出版社；1960年12月，刘民英任人民军医出版社社长；1964年1月，总政治部批准出版《解放军医学杂志》1964年2月中共中央宣传部批准出版《解放军医学杂志》；1964年，元帅为《解放军医学杂志》题写刊名；1964年5月，《解放军医学杂志》创刊号出版；1966年8月，《解放军医学杂志》休刊，11月，《人民军医》杂志休刊。

1999年3月，中央军委委员、总后勤部部长王克上将为解放军卫生音像出版社题词：“搞好卫生音像服务，促进部队官兵健康”；2004年12月，中国科技出版委第五期简报向全国科技出版社转发我社的建设改革经验——建设国内一流的医学出版强社；2006年8月，《中国图书商报》对全国517家出版社综合实力进行排序，人民军医出版社跻身总排行前50名。

2010年7月，9月13日，总后勤部政委孙大发上将为人民军医出版社成立60周年题词：“开拓创新，服务军民”。

人民军医出版社图书发行以年均30%的速度高速增长，现年发行码洋已超过1个亿，市场份额在国内医学出版社中稳居第二，近百种图书进入全国医学图书销售排行榜，近百种图书被国外、境外出版商购买版权。