1988年4月13日，南京出版社经原国家新闻出版署批准成立，是全国15家城市出版社之一。建社以来，始终以“积累文化、传播文化、创新文化”为宗旨，立足本地，面向海内外，出版了一系列精品力作，取得了良好的社会效益和经济效益。

板块中，以《金陵全书》为龙头，人文社科和少儿文艺为两翼，建立起了“六位一体” 的“南京学”出版体系，形成了独特的品牌和优势。

建社30多年来，出版了5000余种图书，其中有400多种图书荣获各级各类图书奖项和国家出版规划项目等。《中国南京云锦》荣获2004年第十四届“中国图书奖”；“中国现代化丛书”“六朝文化丛书”“明朝文化研究丛书”“抵御外侮——中华英豪传奇”丛书、“侵华日军暴行史研究”丛书等入选国家重点出版物出版规划项目；“南京大屠杀数字档案馆、数字图书馆、数字宣教馆及数字出版一体化平台”“‘信仰的力量’——雨花英烈互联网课堂、数字文创出版及VR体验一体化平台”，分别于2016年和2017年入选国家新闻出版广电总局“改革发展项目库”。此外，《南京大屠杀死难者国家公祭读本》（小学版、初中版和高中版）、《璞石成玉的秘密——孩子们心中的社会主义优秀价值观》《问道——中学生心中的社会主义优秀价值观》《我们的节日》等主题出版物进入江苏省中小学课堂。

南京出版社作为一个团结奋进的集体获得了多项集体荣誉。2013年，荣获首届江苏省新闻出版政府奖“先进新闻出版单位奖”；2015年，被江苏省新闻出版广电局授予“全民阅读先进单位”；2018年，荣获江苏省新闻出版广电（版权）系统“先进集体”荣誉称号。

南京出版社成立于1988年，是南京市市属唯一的地方城市综合性出版社，是南京出版传媒集团旗下核心企业。