复旦大学出版社成立于1980年，2009年改为复旦大学出版社有限公司，系国家教育部主管、复旦大学主办的综合性大学出版社。

复旦大学出版社有限公司现设人文编辑部、社科编辑部、理科编辑部、经济管理分社、医学分社、外语分社、学前教育分社、南怀瑾项目组、社会读物项目组、现代学徒制教材项目组、质检中心、校对室、版权部、法务部、装帧设计部、出版部、宣传策划部、营销部、院校合作部、社办公室、总编办、财务部等机构，下辖上海复旦大学电子音像出版社有限公司、上海复旦经世书局两家独立核算机构。

复旦大学出版社有限公司系全国百佳图书出版单位、国家一级出版社，在国内出版界和大学出版社集群中有着重要的影响力。定位于原创性学术著作和高校优秀教材出版，强调出版社尤其是大学出版社应该承担起主体出版的重任，坚持大学出版为大学教学与科研服务的宗旨，强化学术出版功能，为繁荣学术和优秀文化的传承做出贡献。建社至今，有370余种图书获得包括中国图书奖、国家图书奖、中华优秀出版物奖、中国出版政府奖以及教育部中国高校人文社会科学研究优秀成果奖在内的各种奖励近千项。在全国大学出版社中，无论获奖等级还是获奖数量和比例，均位居前列。

复旦大学出版社成立于1981年，2001年，与上海医科大学出版社两社合并，成立新的复旦大学出版社，下辖二级社复旦大学电子音像出版社。